JALとANAは4月19日より、熊本空港機能の再開を受け、定期便の運航を一部再開。到着後は通常とは異なる経路・出口を利用することになる。ただし、19日の熊本出発便は全便欠航のままで、20日以降については検討中となっている。
熊本空港国内線にはJALやANA、ソラシドエア、フジドリームエアラインズ、天草エアライン、ジェットスタージャパンが、定期便のほか臨時便・不定期便の運航を予定していたが、空港閉鎖を受けて16～18日の期間、熊本発着便を全便欠航とした。ターミナルビルについては現在も復旧作業中であり、ターミナルビルの共用は再開されない。そのため、手荷物検査や保安検査ができず、19日は熊本到着便のみ部分的に再開となる。
JALは羽田発/熊本着を2便、伊丹発/熊本着を1便で合計3便を運航。ANAは羽田発/熊本着を6便、中部発/熊本着を2便、伊丹発/熊本着を4便で合計12便を運航。ソラシドエアは羽田発/熊本着を2便、フジドリームエアラインズは小牧発/熊本着便を1便を運航する。なお、天草エアラインは天草発/熊本着便と伊丹発/熊本着便を欠航し、ジェットスタージャパンは18日20時13分現在、成田発/熊本着便(GK615便)の運航準備を進めている。
熊本空港は現在、24日7時30分まで24時間航空保安業務提供中で、救援業務などに従事する航空機を中心に利用されている。災害派遣医療チーム(DMAT)、支援物資等を搭載した自衛隊機C－1やC－130が離着陸し、ドクターヘリはじめ救難業務に従事する航空機を支援、また、17日には支援物資を搭載したJAL臨時便が到着した。
管制官は管制塔から気象事務室へ避難し、小型の無線機により航空機に必要な情報を提供。進入路指示灯が一部不点だったが、現在は全て復旧している。なお、滑走路に関する運用に関しては、震災後も支障はないとしている。加えて、大分空港も19日7時30分まで、航空保安業務の提供時間を24時間化している。
