南阿蘇鉄道は、7月15日に全線で運転再開するとともに、同日からJR肥後大津駅への乗入れを開始すると発表した。全線運転再開後、7月16日以降のダイヤも公開している。全線運転再開当日(7月15日)は特別ダイヤで運転するとのこと。
2016年4月に発震した熊本地震の影響で、南阿蘇鉄道は一時、全線で運転見合わせに。2016年7月31日に中松~高森間(7.1km)で部分運転を開始したが、甚大な被害を受けた立野~中松間(10.6km)は不通となっていた。立野渓谷に架かる第一白川橋りょうの架替えをはじめとした被災箇所の復旧工事を終え、約7年3カ月ぶりに全線で運転再開する予定となった。
7月16日以降、普通列車を上下各12本運行(うち上下各1本は木・金曜日と土休日に運行)。JR肥後大津駅へ乗り入れる列車は朝の時間帯に上下各2本設定され、上りは高森駅6時29分発・立野駅6時59分発・JR肥後大津駅7時12分着と高森駅8時26分発・立野駅8時56分発・JR肥後大津駅9時9分着、下りは肥後大津駅7時28分発・立野駅7時47分発・高森駅8時17分着と肥後大津駅9時26分発・立野駅9時44分発・高森駅10時14分着の列車が運転される。
立野~高森間において、上りの始発列車は高森駅6時0分発・立野駅6時31分着、下りの始発列車は立野駅7時20分発・高森駅7時53分着で運転。日中時間帯(9~15時台)、上りの普通列車は高森駅9時10分発(木・金曜日と土休日に運行)・10時25分発・12時55分発・14時32分発、下りの普通列車は立野駅9時44分発(肥後大津駅から直通)・11時6分発(木・金曜日と土休日に運行)・12時7分発・13時41分発・15時10分発とされ、列車が2時間以上空く時間帯もある。夕方以降、上りは16~20時台、下りは17~21時台におおむね1時間間隔で普通列車を運転。上りの最終列車は高森駅20時49分発・立野駅21時19分着、下りの最終列車は立野駅21時50分発・高森駅22時23分着で運転される。
普通列車の他に、トロッコ列車「ゆうすげ号」を土休日に上下各2本運転。上りは高森駅9時40分発・立野駅10時31分着と高森駅13時40分発・立野駅14時30分着、下りは立野駅11時35分発・高森駅12時29分着と立野駅15時30分発・高森駅16時24分着を予定している。運転期間はおもに7月16日から11月30日までの土休日(7月15日は運休)。土休日以外に7月16日から8月27日までと11月24日も運転される。
なお、運転再開当日となる7月15日の特別ダイヤについて、立野駅12時7分発の下り列車は白水高原駅から先で数分の変更があり、立野駅13時41分発の下り列車は時刻を変更して同駅13時50分発で運転予定。トロッコ列車「ゆうすげ号」は運転されない。他の列車は7月16日以降のダイヤと同時刻で運転を予定している。