熊本空港を運営する熊本空港ビルディングは4月16日、14日21時26分頃に発生した「平成28年熊本地震」(最大震度7)に続き15日1時25分頃に熊本を震源とする強い地震があったことを受け、熊本空港の閉鎖を決定。16日は熊本空港を発着予定の全社全便が欠航となる。
熊本空港ビルディングによると、3階建てのターミナルビル内に地震による建築被害があるためとのことで、16日9時現在、再開の見通しはまだたっていないという。熊本空港にはJALグループやANA、ソラシドエア、フジドリームエアラインズ、天草エアライン、ジェットスタージャパンが、定期便のほか臨時便・不定期便の運航を予定していた。
JALグループでは4月15～22日の北九州/福岡/大分/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず手数料なしでの搭乗予定便の変更(振替)および航空券の払い戻しに対応。ANAはコードシェア便(共同運航便)を除く4月15～22日の福岡/大分/佐賀/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず手数料なしでの搭乗予定便の変更(振替)および払い戻しを受け付けている。
ソラシドエアは4月15日～22日の大分/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず同区間の便への変更、または取消手数料なしでの払戻に対応している。また、4月15日以前に購入した4月23日～5月8日熊本空港発着便に関しても、手数料なしで搭乗予定便の変更(振替)および払い戻しを受け付けている。フジドリームエアラインズは4月16日～22日の北九州/福岡/熊本/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず1カ月以内の同区間の便への変更、または取消手数料なしでの払戻に対応している(チャーター便を除く)。
