4月に発生した「平成28年熊本地震」の影響より、熊本空港発着便の一部の便が遅延・欠航している中、JALは6月1日から、ANAは6月2日から、熊本空港発着便を全便再開する。
JALは現在、羽田＝熊本線を1日7往復、伊丹＝熊本線を1日3往復(一部路線は天草エアラインとのコードシェア便)を運航しているが、JAL639(19:05羽田発/20:50熊本着)は5月31日から、JAL622(07:35熊本発/09:10羽田着)は6月1日から再開し、6月1日からは平常通り、羽田＝熊本線を1日8往復と伊丹＝熊本線を1日3往復で運航する。
一方ANAは現在、羽田＝熊本線を1日16往復(一部路線はソラシドエアの運航便)、伊丹＝熊本線を1日10往復、中部＝熊本線を1日6往復、那覇＝熊本線を1日1往復を運航。6月2日からは羽田＝熊本線を1日20往復(一部路線はソラシドエアの運航便)、伊丹＝熊本線を1日12往復となる。なお、中部＝熊本線と那覇＝熊本線は現在も平常通りの運航となっている。
熊本空港発着便は4月19日より再開されたが、熊本空港のターミナルビルに損傷があり、ターミナル利用に関してはレストランやラウンジなど、現在も多くの制約がある状況となっている。
