JR九州は、2025年3月15日のダイヤ改正で、熊本地区における朝通勤通学時間帯の輸送力を増強すると発表した。豊肥本線で朝の時間帯に運転している光の森駅発着の普通列車は運転区間を延長。豊肥本線と鹿児島本線の一部列車で編成両数を増やし、混雑緩和を図るとしている。
現在、豊肥本線の電化区間である熊本~肥後大津間において、電車(815系、817系、821系)を使用する普通列車のほとんどが肥後大津駅発着(気動車で運転される立野・阿蘇方面への直通列車は除く)だが、朝通勤通学時間帯の1往復のみ、光の森駅発着の普通列車(下りは光の森駅8時28分着、上りは光の森駅8時35分発)が設定されている。
2025年3月のダイヤ改正で、この1往復を肥後大津駅発着に変更し、運転区間を延長。ダイヤ改正後、下りの運転時刻は熊本駅8時2分発・肥後大津駅8時44分着、上りの運転時刻は肥後大津駅8時26分発・熊本駅9時0分着となる。延長区間の三里木駅、原水駅、肥後大津駅で利便性が向上するとともに、熊本~肥後大津間で電車を使用する普通列車がすべて肥後大津駅発着に統一される。
豊肥本線と鹿児島本線の一部列車で、朝通勤通学時間帯に編成両数の変更も行う。八代駅を6時37分に発車し、鹿児島本線・豊肥本線経由で肥後大津駅へ8時4分に到着する普通列車と、肥後大津駅を8時9分に発車し、熊本駅へ8時47分に到着する豊肥本線の普通列車はそれぞれ現行の2両編成から4両編成に増やして運転。肥後大津駅を7時8分に発車し、豊肥本線・鹿児島本線経由で植木駅へ8時4分に到着する普通列車と、植木駅を8時9分に発車し、熊本駅へ8時23分に到着する鹿児島本線の普通列車はそれぞれ現行の2両編成から3両編成に増やして運転する。