JR西日本は3日、一部の定期列車を運休していた山陽新幹線と北陸新幹線「つるぎ」に関して、緊急事態宣言の解除や最近の利用傾向を踏まえ、6月13日から運転計画を見直し、すべての定期列車を運転すると発表した。一部の在来線特急列車についても、6月13日から運転を再開する。
山陽新幹線は6月13日以降、九州新幹線へ直通する「みずほ」「さくら」の定期列車をすべて運転。「のぞみ」「ひかり」「こだま」も含め、同日から定期列車は通常ダイヤで運転される。これにともない、減便期間中に時刻・停車駅等を変更して運転していた「さくら」「ひかり」の一部列車は6月12日までの運転に。「こだま」は一部区間で時刻を変更して運転する列車があるという。
北陸新幹線では、富山~金沢間を走る「つるぎ」がすべての定期列車の運転を再開。在来線特急列車は、「サンダーバード」「くろしお」「こうのとり」「きのさき」「はしだて」「まいづる」「やくも」「しおかぜ」「南風」がすべての定期列車の運転を再開する一方、「はるか」は引き続き一部の定期列車が運休となる。なお、運休期間に実施していた「やくも」の一部駅での臨時停車は取りやめに。その他、児島~高松間で一部列車が運休していた快速「マリンライナー」も、岡山~高松間での運転を再開する。
6月13日から運転再開する列車の指定席は、6月3日14時以降に順次発売。6月13日までに運転を取りやめる列車や、臨時停車を取りやめる駅を発着する「やくも」のきっぷを持っている場合は、無手数料で変更や払戻しを行える。インターネット(エクスプレス予約・スマートEX・e5489)できっぷを予約した場合は、各予約サイトトップページの「重要なお知らせ」をあわせて参照とのこと。