JR九州は7月5日からの大雨で被災した区間を含む福岡・大分・佐賀・長崎地区の7月7日の運転計画を発表した。久大本線光岡~日田間の花月川橋梁が流失するなど被害が出ており、7月7日は久大本線うきは~日田間・日田彦山線添田~夜明間が運転見合わせに。佐世保線も上有田~有田間の土砂流入により、肥前山口~早岐間で運転を見合わせる。
気象庁が7月5日夜に発表していた福岡県・大分県の大雨特別警報は、7月6日14時10分に大雨警報・注意報に切り替えられたが、九州北部地方では7月7日夕方にかけて断続的に非常に激しい雨が降る見込みだという。この大雨で久大本線光岡~日田間の花月川橋梁が流失し、日田彦山線添田~夜明間でも複数箇所で災害が発生。九州北部・中部の各路線で運転見合わせやダイヤ乱れが相次ぎ、特急「ゆふいんの森」「ゆふ」「九州横断特急」をはじめ「かもめ」「みどり」「ハウステンボス」などの列車で運休・遅延が発生した。
JR九州の7月7日の運転計画(7月6日23時50分現在)では、久大本線に関して花月川橋梁が流失した区間を含むうきは~日田間で列車の運転を見合わせ、久留米~うきは間・日田~大分間も本数を減らして運転することが発表された。久大本線経由の特急「ゆふいんの森」「ゆふ」も終日運休となる。日田彦山線は添田~夜明間で列車の運転を見合わせ、城野~添田間で本数を減らしての運転となる。
佐世保線肥前山口~早岐間も、上有田~有田間の土砂流入により運転見合わせに。なお、これら運転見合わせ区間の代行輸送は計画していないとのこと。その他、豊肥本線阿蘇~大分間も本数を減らしての運転となる。九州新幹線などは通常通り運行する予定だが、「今後の気象状況及び線路設備等の状況などにより、この他にも列車の運休、遅れが発生する場合があります」とJR九州は発表している。