【国内で「Where are you from?」と質問されたときのアブナイ英語】I'm from Japan.
【こんな風に聞こえるかも】日本！日本です。（日本人を強調）
【ネイティブが使う英語】 I'm from Shizuoka.（静岡出身の場合）

海外旅行先で「Where are you from?」と質問されたのであれば、「I'm from Japan.」で問題ありませんが、国内の東京で質問されたのであれば答えは国名ではなく、出身地で答えましょう。