サーバ管理の面では、サーバーマネージャでリモート管理が可能になっているほか、個別バックアップと全体バックアップの両方が選択して利用可能になっている。
また、PowerShellも強化され、Active Directory、バックアップ、サーバーマネージャ、Hyper-V、IISなどほとんどのものがPowerShellで管理できるほか、GUI画面も登場 する。このGUIでは、ウィザードによるスクリプトの作成や、ブレークポイントを設定しての実行も行えるという。
そのほか、Active Directory管理センターという新しいツールも追加されている。
File Classification Infrastructure(FCI)
また、2008 R2では、File Classification Infrastructure(FCI)というファイル管理基盤が追加される。
これは、「ファイル サーバーリソース マネージャー」を追加することにより利用でき、ファイルに対して独自のプロパティ情報を設定できるというもの。そして、このプロパティ情報を基に自動分類したり、自動処理を行うことができる。
これにより例えば、有効期限というプロパティというを新たに作成し、この期限を過ぎているファイルを自動的に削除するといった運用が可能になるという。