PayPayは9月21日、クレジットカード利用時の本人認証手段として、「3Dセキュア2.0（EMV 3Dセキュア）」に対応したことを発表した。バージョン3.57.0以降のPayPayアプリで利用できる。
クレジットカード経由で5,000円以上の支払いをする際に本人認証サービスの利用を求める。なお、3Dセキュア1.0での認証は順次終了予定としている。
従来の3Dセキュアはあらかじめ決めたパスワードを用いる認証方式で、3Dセキュア2.0では使い捨てのワンタイムパスワードを用いるという違いがある。利用には3Dセキュア2.0に対応したクレジットカードが必要。
PayPayでは、利用中のスマートフォン以外の端末からアクセスがあった場合にSMS通知による2要素認証を求めるほか、銀行口座の連携手続きにeKYCを導入するなど、さまざまな不正利用対策を行っている。2021年の年間不正利用発生率は0.001％だと言い、クレジットカードの0.047％（日本クレジットカード協会の統計データに基づく参考値）と比べても低く抑えられている。
