米Appleは3月31日(現地時間)、iOSのソフトウエアアップデートを通じて、iOS 9.3のアップデート「iOS 9.3.1」の配布を開始した。

iOS 9.3.1は、Safariやその他のアプリでリンクをタップした後にアプリが応答しなくなる問題を解決する。3月21日に配布開始になったiOS 9.3にアップデートした一部のユーザーから、ユニバーサルリンク機能でフリーズが起こる問題が報告されていた。

iOS 9.3へのアップデートでは他にも、iPhone 5s以前またはiPad Air以前のiOSデバイスでアクティベーションできない問題が起こっていた。９to5Macによると、この問題を修正するためにAppleはiPad 2向けに新しいビルド(13E236)をリリースしていたが、バージョン番号はiOS 9.3のままだった。