階層構造を持つ複数のOUに異なるグループポリシーオブジェクト(GPO)をリンクした場合、継承と上書きのルールが関わってくる。また、同じドメイン、あるいはOUに複数のGPOをリンクした場合、優先順位の設定が関わってくる。これらの設定は、[Active Directoryユーザーとコンピューター]管理ツールと同様、GPMCでも変更可能だ。