東京医科歯科大学(医科歯科大)は5月2日、2022年1月初旬から4月中旬までに同大学病院に入院、または通院歴のある新型コロナウイルス感染症(COVID-19)患者116人の全ゲノム解析を実施した結果、4月上旬からオミクロン株BA.1.1系統からBA.2系統への置き換わりが顕著になっていること、ならびにデルタ株の特徴変異部位(スパイク(S)タンパク領域のL452部位)に、L452M変異が新たに追加された国内由来BA.2系統の市中感染事例が確認されたことを発表した。
同成果は、医科歯科大大学院 医歯学総合研究科 ウイルス制御学分野の武内寛明准教授(同大学病院 病院長補佐)、同・リサーチコアセンターの谷本幸介助教、同・分子病原体検査分野の田中ゆきえ准教授、同・ウイルス制御学分野の北村春樹大学院生、同・多賀佳大学院生、同・統合臨床感染症学分野の具芳明教授、同・木村彰方副学長(特任教授)、京都府立医科大学大学院 分子病態感染制御・検査医学分野の貫井陽子教授(前医学部附属病院感染制御部部長)らの共同研究チームによるもの。
2022年3月中旬までは、多様なオミクロン株BA.1.1系統が市中流行株の主体だったが、BA1.1系統から感染伝播性がさらに高いBA.2系統への置き換わりが徐々に進み、4月上旬からはその置き換わりが顕著になってきている。
さらには、英国で確認されているBA.1/BA.2組み換え株(X系統)が、BA.2系統存在下で増加しつつあることから、新たなオミクロン変異系統の市中感染による第6波の長期化が懸念されており、BA.2系統を主体とした市中感染再拡大を抑えつつ、社会経済活動再開と維持に向けたバランスを取る必要に迫られている。
現在、BA.2系統が主流となっている状況下において、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)組み換え株(X系統)の中でもBA.1/BA.2組み換え株の1つであるXE系統の感染伝播性が、BA.2系統よりも10％以上高い可能性が指摘されている。
XE系統は、現時点においては、英国で増加傾向が認められているが、そのほかの国での感染拡大は認められていない。また、南アフリカ共和国ではSタンパク領域内のL452変異(S:L452R変異であり、デルタ株の感染伝播性増大に関わるメインドライバー変異)が新たに追加されたオミクロン株BA.4/BA.5系統の感染拡大が認められているが、これらも他国での感染拡大は現時点において認められていない。
その一方で、BA.2系統にS:L452部位への変異が新たに追加されたさまざまなBA.2亜系統の感染拡大が、懸念される状況になりつつあるという。米国都市部で感染者再増加については、BA.2亜系統(BA.2.12系統)にS:L452Q変異が追加されたBA.2.12.1亜系統の感染拡大が、その要因の1つであることが示唆されている。
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各国におけるオミクロン株の遷移状況(outbreak.info) (出所:医科歯科大プレスリリースPDF)
また、英国やデンマークでは、BA.2亜系統(BA.2.9系統)にS:L452M変異が追加されたBA.2.9.1亜系統が、ベルギーやオランダではS:L452M変異が追加されたBA.2.13系統が、それぞれ確認されている。デルタ株の特徴が追加された新たなBA.2亜系統による感染事例が、欧米諸国において増加傾向にあるという。
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オミクロン各系統のSタンパク領域変異(共通または特異的変異) (出所:医科歯科大プレスリリースPDF)
日本国内においては、XE変異株は空港検疫で1件確認された程度で、市中感染は確認されていない。また、BA.2.12.1亜系統およびBA.2.9.1亜系統についても、共に日本国内での市中感染は確認されていなかった。
ところが、同・大学病院の患者由来BA.2検体において、S:L452M変異が追加された国内由来BA.2系統の市中感染事例が確認されたとする。当該変異株のSタンパク領域変異(非同義置換)は、BA.2.9.1亜系統と同一だが、そのほかの領域における変異パターンが異なることからBA.2.9.1亜系統そのものではなく、国内変異系統株である可能性が高いことが考えられるという。
なお、オミクロン株BA.2系統を主体とした市中感染状況下において、XE変異株を含めたBA.1/BA.2組み換え株だけでなく、S:L452R/L452Q/L452Mが新たに追加されたBA.2変異系統株への置き換わりが進んだ場合、市中感染再拡大による第6波の長期化への懸念が考えられるとしており、引き続き、効果的な感染拡大防止策を継続すると同時に市中感染株の推移をモニタリングし、SARS-CoV-2流行実態を把握することが公衆衛生上の意思決定に重要であると考えるとしている。
