東工大、PaCS-MDシミュレーションを容易に実行できるツールキットを公開

PaCS-MDシミュレーションによって観察したい現象が、短時間のシミュレーションで観測される様子を表した概念図。並列にn個のMD計算を行うサイクルをm回繰り返す場合が示されている。Gタンパク質共役型受容体(緑)から低分子(赤)が解離していく様子を観察した例。2つの分子間の距離がなるべく長くなった瞬間を複数選び、その時間にさかのぼって少し条件を変えてシミュレーションを再実行することで、解離現象が起こる確率が高められている(出所:東工大プレスリリースPDF)