PayPayは8月19日、中小の加盟店における決済システム利用料を、ユーザー取引金額の1.60％（税別、以下同）もしくは1.98％に有料化することを、正式発表した。適用は2021年10月1日以降。

  • 10月1日以降の中小加盟店における決済システム利用料（PayPayの発表資料より）

年商10億円以下の中小加盟店におけるPayPayの決済システム利用料はこれまで無料だったが、2021年10月1日以降は、ユーザー取引金額の1.60％、もしくは1.98％の利用料がかかるようになる。また、2020年4月1日以前に加盟した年商10億円以上の法人も、2021年9月末まで決済システム利用料が無料だったが、2021年10月以降は決済システム利用料が有料となる。

中小加盟店向けの利用料は、独自のクーポンを発行できる加盟店向けサービスの契約状況によって変わる。この加盟店向けサービス「PayPayマイストア ライトプラン」は月額1,980円/店舗で、これに加入していると決済システム利用料は1.60％、未加入の場合は1.98％となる。

  • 「PayPayマイストア ライトプラン」の加入によって手数料が変動。2021年10月1日から決済システム利用料を1.60％で利用したい場合、2021年9月19日までに「PayPayマイストア ライトプラン」へ加入する必要がある（PayPayの発表資料より）

ドコモが展開する「d払い」やKDDIが展開する「au PAY」の手数料は2.60％、楽天が展開する「楽天ペイ」の手数料は3.24％となる。PayPayでは、「加盟店が低コストで『PayPay』を利用できるよう、キャッシュレス決済業界最安水準の利用料率に設定した」とアピールしている。