3階は青年マンガが中心。そのほかに研究室が設けられており、マンガやアニメに関する書籍を揃えた研究閲覧室の試験運営が行われている。閲覧については、9月中は無料(別途入場料は必要)。今後アンケートを募り、利用環境を調整していきたいとしている。
研究室では蔵書を保存するために行うカバー掛け作業を見せていただいた。一般的な図書館では、本のカバーに透明のフィルムを直に接着してしまうが、ミュージアムでは貴重なマンガを痛めないよう、本のサイズに合わせて1冊1冊手作業で作られたビニールカバーが掛けられている。カバーが破損したら抜き取って、新品のカバーと交換できるのが何よりの利点。こうした地道な作業が、20万点にも及ぶ資料の保存を支えている。