【「本部は東京にあります」と言うときのアブナイ英語】Our headquarter is located in Tokyo.
【こんな風に聞こえるかも】(単語が間違っているので不自然に聞こえる)
【ネイティブが使う英語】Our headquarters is/are located in Tokyo.

Headquarterという単語はありません。言い換えれば、headquartersはheadquarterの複数形ではありません。また、headquartersは単数形とも複数形とも取れる単語ですが、頭の中に本部ビルが何棟も続くイメージがあるならば動詞はare、大きな本部ビルがどすんと1棟あるイメージなら動詞はisをとります。