The JRuby CommunityはJRubyの開発対象をJ2SE 1.4.2からJ2SE 5.0へと変更するかどうかの議論を続けてきた。JRubyとは違うアプローチを採用しているXRubyは2007年8月8日（米国時間）にリリースしたXRuby 0.3.0でアノテーションを採用するなどJ2SE 5.0を取り入れている。こうした状況のなか、どうやらJRubyの主要開発者は最終的にJRuby 2.x系の対称をJ2SE 5.0以降のバージョンにすることを決定したようだ。

JRuby 1.x系は引き続きJ2SE 1.4.2を使って開発されるが、2.x系はJ2SE 5.0以降のバージョンを対象としていくとみられる。J2SE 5.0以降への対応を決めた理由には同議論に対してJ2SE 5.0の採用を望む声が強かったこと、J2SE 5.0で採用されているアノテーションなどの機能が開発においてきわめて魅力的であること、XRubyがアノテーションを採用したことなどがあるようだ。