先端科学技術の調査会社であるトムソン・ロイターは、日本の研究機関ランキングをまとめた。このランキングは、学術論文誌に掲載された論文がほかの論文に引用された数(被引用数)を研究機関ごとに集計したもの。対象期間は1999年1月1日～2009年12月31日の11年間である。

ランキングは科学分野総合と、分野別(22分野)に分かれている。科学分野総合では、世界全体のランキングから、日本の研究機関だけを抜き出した。分野別では日本の研究機関が世界のトップ5に入っている分野(材料科学、物理学、化学、生物学・生化学、免疫学、薬理学・毒物学)だけを選択した。なお免疫学、薬理学・毒物学は今回、日本の研究機関が新たにトップ5入りした分野である。

国内の総合トップは東京大学。世界ランキングは11位である。いずれも前年(2009年4月発表)のランキング(1998年～2008年の集計)と同じ位置を堅持した。トップ10の研究機関は以下、京都大学、大阪大学、東北大学、科学技術振興機構、名古屋大学、九州大学、理化学研究所、北海道大学、産業技術総合研究所と続く。9位の北海道大学までは前年と同じ順位である。10位は前年の東京工業大学が11位に下がり、前年11位の産業技術総合研究所がランクアップした。

国内の研究機関ランキング。被引用数のトップ20をまとめたもの

材料科学分野での研究機関ランキング。東北大学がトップ、産業技術総合研究所が2位。両者は世界全体ではそれぞれ3位、4位に付けている

物理学分野での研究機関ランキング。東京大学がトップ。世界全体では2位に付けている

化学分野での研究機関ランキング。京都大学がトップ。世界全体では4位に付けている

生物学・生化学分野での研究機関ランキング。東京大学がトップ。世界全体では3位に付けている

免疫学分野での研究機関ランキング。大阪大学がトップ。世界全体では5位に付けている

薬理学・毒物学分野での研究機関ランキング。東京大学がトップ。世界全体では5位に付けている